ترجع أهمية هذه الكنيسة نظراً لكونها من أقدم الكنائس في مصر وأفريقيا منذ عهد القديس مارمرقس الرسول في القرن الميلادي الأول، وعمرها يتعدى الالفي سنة، وكانت مقر البطريرك لمدة ألف عام، ثم انتقل المقر عدة مرات إلى أن أصبح الان في العباسية.